Nació en Grembergen-lez-Termonde, Bégica, en 1858. De familia emparentada con la nobleza rusa y con el emperador Francisco José de Austria, siendo en su obra influenciado por el ambiente en el que creció y se educó.
Abandonó sus estudios de derecho en la Universidad para entrar a estudiar en la Academia de Bellas Artes de Bruselas, en la que tuvo a Xavier Mellery como maestro. Este el induciría a seguir el camino de los simbolistas. En 1877 viajó a París quedando impresionado por Eugene Delacroix, Gustave Moreau y por los pintores del movimiento prerrafaelita.
De entre todos, y se puede observar en su obra, fue importante la influencia de Edward Burne-Jones, con el que además tendría una gran amistad, y estrecha relación profesional. Tras su estancia en la capital francesa, ya de vuelta en Bruselas, participando en la intensa actividad que bullía en esos años; en 1883 fundó junto a otros el Círculo de Los XX.
Fue así mismo un apasionado del ocultismo, llegando a participar en el Primer Salón de los Rosacruz, organizado por el místico Joséphin Péladan en 1892; lo continuaría haciendo en años posteriores.
Tuvo un enorme prestigio en la sociedad de Bruselas y supo compaginar sus obras más crípticas con magníficos retratos de personajes de la alta sociedad belga y cercanos a la realeza.
Durante la Primera Guerra Mundial, permaneció en Bruselas, donde se recluyó antes los horrores de la misma, y al acabar la contienda, el simbolismo decayó, dejó de ser vanguardia y su obra de alguna forma fue relegada al olvido.
Los cuadros de Khnopff construyen la realidad a base de metáforas, que son las verdaderas protagonistas de unos lienzos que comunican a algo más allá de la propia superficie pictórica.
El cuadro es un vínculo entre el yo del espectador y el del artista, y su contenido siempre habla de algo que no se percibe con un juicio técnico o formal de la obra. Su técnica, es de lo más preciosista, minuciosa y fotográfica. Con lo que gana en peso simbólico, puesto que el símbolo se comunica mejor a través de una forma reconocible.»
Murió en Bruselas, el 12 de noviembre de 1921.
